Quần đảo Tây Bắc Hawaii (NWHI) được bảo vệ lần đầu tiên vào ngày 3 tháng 2 năm 1909 khi tổng thống Theodore Roosevelt thành lập Khu bảo tồn chim Quần đảo Hawaii theo Sắc lệnh 1019, như một biện pháp với việc săn bắn quá mức các loài chim biển và nhận ra tầm quan trọng của khu vực quần đảo này là nơi làm tổ cho nhiều loài chim biển hoang dã.[6] Tổng thống Franklin D. Roosevelt sau đó đã chuyển nó thành Khu bảo tồn Động vật hoang dã Quốc gia Quần đảo Hawaii vào năm 1940. Một loạt các biện pháp gia tăng bảo vệ sau đó dẫn đến việc thành lập Khu bảo tồn Động vật hoang dã Quốc gia Đảo san hô vòng Midway vào năm 1988, Khu bảo tồn hệ sinh thái Rạn san hô Quần đảo Tây Bắc Hawaii năm 2000.[7][8]

Tổng thống Bill Clinton thành lập Khu bảo tồn sinh thái Rạn san hô Quần đảo Tây Bắc Hawaii vào ngày 4 tháng 12 năm 2000 theo Sắc lệnh 13178. Sắc lệnh hành pháp này đã khởi xướng một quy trình chỉ định vùng biển của Quần đảo là Khu bảo tồn biển quốc gia. Năm 2005, Thống đốc Hawaii Linda Lingle tuyên bố các phần của tượng đài là khu bảo tồn động vật biển tiểu bang.[9]

Vào tháng 4 năm 2006, tổng thống George W. Bush và phu nhân đã xem buổi chiếu phim Voyage to Kure tại Nhà Trắng cùng đạo diện bộ phim Jean-Michel Cousteau. Các hành động làm tổn hại đến hệ động thực vật trong phim đã khiến vị tổng thống này nhanh chóng đã có những biện pháp bảo vệ khu vực.[10][11][12] Vào ngày 15 tháng 6 năm 2006, tổng thống Bush đã ký Tuyên bố 8031 chỉ định vùng biển thuộc Quần đảo Tây Bắc Hawaii là một tượng đài quốc gia theo Đạo luật Cổ vật năm 1906. Đây là tượng đài thứ hai được tổng thống Bush chỉ định theo đạo luật này sau Tượng đài Quốc gia African Burial Ground tại Manhattan được thành lập vào tháng 2 năm 2006.

Vào ngày 27 tháng 2 năm 2007, tổng thống Bush đã đổi tên thành "Papahānaumokuākea",[13] lấy cảm hứng từ nữ thần và Mẹ Trái Đất của người Hawaii cổ đại Papahānaumoku và chồng của bà, là người cha của bầu trời Wākea. Vào ngày 1 tháng 3, đệ nhất phu nhân Laura Bush đã đến thăm đảo san hô Midway và sau đó một ngày, một buổi lễ đổi tên diễn ra tại Cung điện Washington ở Honolulu.[14][15] Tại buổi lễ, đệ nhất phu nhân Laura Bush và Bộ trưởng Nội vụ Dirk Kempthorne tuyên bố việc thay đổi tên và có những phát biểu nhằm giúp nâng cao nhận thức của công chúng về tượng đài.[16] Tháng 10 năm 2007, Ủy ban Bảo vệ Môi trường Biển của Tổ chức Hàng hải Quốc tế đã chỉ định tượng đài quốc gia này là Khu vực biển đặc biệt nhạy cảm.[17] Tháng 8 năm 2016, Tổng thống Barack Obama đã mở rộng diện tích của tượng đài khoảng bốn lần. Vào thời điểm sau khi mở rộng, nó là khu bảo tồn biển lớn nhất thế giới.[18][19]